2008-2009 Sorry Sorry y su avance.

Super Junior-M nueva sub-unidad de Super Junior dedicada al mercado Chino fue formada en abril del 2008 y fue integrada por Hankyung, Siwon, Donghae, Kyuhyun, Ryeowook  y se incorporaron dos integrantes mas Henry y Zhou mi. A pesar de que la nueva sub-unidad creó tensión entre los fans del grupo y la compañía, Super Junior-M ha sido la sub-unidad más exitosa, agotando las entradas para dos presentaciones en Hong kong y llegando a altos lugares en las listas musicales, apareciendo a menudo en programas de variedades Chinos. Ha sido el grupo coreano con más contratos en China. Han ganado numerosos premios en festivales de música de China y también han recibido halagos de la crítica luego de lanzar su sencillo "Super Girl" del segundo mini-álbum Super Girl,  que les valió la nominación a "Mejor Grupo Vocal" en los #21 Golden Melody Awards.
Una cuarta sub-unidad de Super Junior fue creada después del debut de SJ-M. Con 5 miembros de Super Junior -T y Yesung formaron Super Junior Happy , lanzando su primer mini-álbum Cooking? Cooking! el 5 de junio del 2008. 

En noviembre del 2008, Super Junior -T  hizo su primer debut en Japón junto al dúo de comediantes japoneses, Moeyan. El sencillo "ROCK&GO", la versión en japonés de "Rokuko", debutó en el puesto 19 del ranking diario de Oricon y ascendió al puesto 2, tres días después. 

El primer concierto por Asia de Super Junior, Super Show, comenzó el 22 de febrero del 2008 en Seúl. El grupo tuvo dos exitosos Fan Meeting en el Nippon Bukodan de Tokio, vendiendo más de 12.000 entradas en varios días. El grupo lanzó un sencillo compilatorio U/Twins, donde se incluye la versión japonesa y limitada de "U", como complemento del evento. El sencillo llegó al puesto 4 del ranking diario de Oricon y cayó cuatro lugares al segundo día. El sencillo rompió un récord por ser el primer sencillo coreano en estar dentro del Top 10 del ranking semanal de Oricon.  

El grupo lanzó su tercer álbum estudio Sorry, Sorry el 12 de marzo del 2009. Fue el primer álbum del grupo en debutar en el puesto 1 del ranking Hanteo vendiendo más de 29.000 copias en el primer día. Después de solo un mes el álbum se convirtió en el más vendido del año 2009, vendieron al rededor de 250.000 copias en Corea del Sur. Así mismo, se convirtió en el álbum coreano más vendido en Taiwan ,Tailandia, China y Filipinas  en donde también recibió el crédito de ser el primer álbum coreano en llegar al puesto 1 en los rankings de música de ese país. El álbum titulado Sorry, Sorry se convirtió e un hit instantáneo, ganando un total de 10 números #1 por 10 semanas consecutivas en Corea del Sur,  y rompió un récord al quedar en el primer lugar por 37 semanas en el ranking de sencillos de Kpop en Taiwan. Sorry, Sorry logró éxito nacional e internacional, ganando varios premios en el #24 Golden Disk Awards, incluyendo el gran premio "Disk Daesang" (Disco del año).

Después del éxito de Sorry, Sorry, Super Junior comenzó su segundo tour por Asia llamado "Super Show 2", el 17 de julio del 2009, en Seúl.